El problema esta en llegar y abrir los pendrive.
Uno deberia, luego de que tu pc reconoce la unidad de almacenamiento esterno, entrar en mi pc, ponerse sobre el disco "X", que en este caso seria el pendrive, y con el boton secundario buscar la opcion para desinfectarlo, no solo escanearlo, y luego de eso abrirlo.
A mucho les pasa eso que describes al abrir automaticamente el pendrive, pero si los tratas con mas cuidado, no tendria por que fallarte.
Suerte en todo y hasta pronto.