Despues de reparar el PC los Prog. no corren

Hola amigos del foro , resulta que ahora fallo el PC y no hubo forma de entrar al sistema, asi que le meti el disco de windows y escogi "Dejar intacto el sistema de archivos actual (sin cambios)".

Todo fue bien, logre repararlo , pero me pasa que los programas no me corren ahora , solo algunos los mas simples parece, pero la mayoria dejo de funcionar. Por ejemplo el AutoCad me dice al iniciarlo que le falta un archivo que la reinstalacion del mismo puede solucionar el problema.
Mi pregunta es si hay alguna manera de aserlos arrancar para no tener que instalarloñs dde nuevo. "para eso que no es el Dejar intacto el ..."
para no tener que instalar otra ves los mismos Prog. Se me olvida mencionar que los programas figuran todos en C:\Archivos de programa\
pero no asi en "Agregar o Quitar Programas, alli no havia ningun programa. Asi que me parece rara la cosa , si alguno de ustedes me pudiera orientar porfavor
les agradeceria. Saludos

dejar intacto el sistema de archivos creo que hace referencia a no eliminar ningun directorio...pero el registro del sistema ha sido borrado..por lo que esos programas que tenian entradas en el registro, no funcionaran a menos que los reinstales

No tiene nada de raro, es lo que sucede cuando se hace eso.
En estos casos para no heredar vicios de la instalación anterior es sumamente recomendable formatear y comenzar desde cero... a no ser que se quiera perder tiempo.