A mi me pasó lo mismo varias veces ya.
No sé que puede llegar a ser pero si estoy seguro que no es algo del Win en si mismo sino que pasa luego de tocar alguna configuración.
Lo creo así porque cuando recién instalo el Windows no tnego ningún problema para poner un pendrive y luego de hacer unos cuantos "ajustes" se pone ese error. Notá que si vas a "EXPLORAR" el pen seguro que se ve bien y no hay problemas en usarlo. Pero es molesto que no se lo vea en "Mi PC".
A veces inclusó llegué a pensar que era por virus, ya que el Nod lo lee para ver que no halla un archivo de inicio infectado (autorun.inf).
Otra causa podría llegar a ser usar el CCleaner con "todas la opciones de borrado"? No lo se, pero al final solucioné todo re-instalando windows y no metiendo mano en el SI.
Saludos